Trong kháng chiến chống Pháp đầu năm 1947, khu vực Thái miếu bị Việt Minh thiêu hủy hoàn toàn trong đợt tiêu thổ kháng chiến. Năm 1971-1972, Hội đồng trị sự Nguyễn Phúc tộc đã quyên góp và dựng lại một tòa nhà 5 gian trên nền cũ ngôi điện chính để làm nơi thờ tự các chúa Nguyễn.